旅游生態廁所屬于公益性投資，屬于基礎設置建設范疇，需要一定資金支撐，應該加快吸引社會投資，如采取ppp模式，或者建一些商用設施彌補資金缺口。
目前旅游生態廁所運營模式主要有三種：政府和社會資本合作（ppp）模式；鼓勵市場化的企業承包經營模式；廁所管理認養模式。
所謂ppp模式，其本質是政府與社會資本合作，通過授予特許經營權等方式，以利益共享和風險分擔為特征的一種管理模式。在旅游生態廁所方面，目前采用ppp模式的典型案例為中國光大集團光大置業有限公司在嶗山風景區開展的生態廁所項目工程。ppp模式要求合作雙方必須有“利益共享和風險共擔”的能力。但目前中國絕大多數農村尚缺乏承擔資本風險的能力，可見該模式并不適合鄉村廁所的改建。
所謂“以商養廁”就是指廁所提供增值服務，包括廣告、個人護理、母嬰護理等服務，作為廁所運營管理經費的有益補充。“以商養廁”最終要依靠市場，以市場導向實現公廁效益最大化。該模式主要適合人流量大或者繁華的地段，但是鄉村一方面人員不集中，另外一方面，農民的消費能力有限，這種模式也不適合。
而旅游生態廁所的認養模式指的是通過機關、企業、學校、社會團體甚至個人自愿提供經費或人力，協助廁所管理單位對其認養的廁所進行維護與管理。


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